L'association comporte quatre sections: L'association Sportive du Lycée qui a pour objet de promouvoir et d'organiser les activités sportives et de loisirs pour l'ensemble des élèves du Collège dans le cadre réglementaire et institutionnel de l'UGSEL et de l'UNSS. L'association Sportive du Collège qui a pour objet de promouvoir et d'organiser les activités sportives et de loisirs pour l'ensemble des élèves du Collège dans le cadre réglementaire et institutionnel de l'UGSEL. L'UTF (Urban Trail Flers) qui a pour objet d'organiser des manifestations sportives et urbaines afin de promouvoir la ville de Flers et l'ensemble scolaire Saint Thomas d'Aquin. Les classes Olympiques (COP - Classe Olym-Paralympique) du collège et Classe Olympique du lycée qui ont pour objet de promouvoir l'esprit Olympique et Paralympique dans l'ensemble scolaire et d'organiser différents actions autour des JOP.