Faire entrer les entreprises agro-alimentaires de la région de Franche-Comté dans une démarche qualité, une démarche de certification (si besoin) , répondre aux besoins énoncés par certaines entreprises adhérentes de FCQ , rendre applicable de nouvelles normes, nouveaux règlements, échanger dans les domaines de la qualité, de la sécurité, de l'environnement , construire des outils permettant aux responsables qualité et autres postes, un meilleur suivi de leur process, des activités de leur entreprise , faire intervenir des prestataires pouvant répondre à nos interrogations ,  réaliser des audits croisés , réaliser de la formation en liaison aux besoins énoncés par les adhérents , susciter toute action conforme à l'objet de l'association