Préservation du patrimoine naturel et paysager franc-comtois , acteur territorial et de proximité, le conservatoire s'emploie à favoriser la conservation et la restauration de la diversité des espaces naturels et semi-naturels, et de leur richesse biologique, par la prise en compte de la globalité des problématiques des sites qu'il souhaite protéger, gérer et mettre en valeur , il est ainsi amené à prendre en compte tous les aspects culturels, patrimoniaux et humains qui contribuent à la constitution des paysages francs-comtois