L'APUMAF a pour objets de coordonner les activités scientifiques et professionnelles de la diaspora au Mali, de développer les échanges entre les universités en France et au Mali, d'initier et développer les projets de coopération scientifique entre les universités françaises et maliennes, de piloter les programmes de formations pluridisciplinaires ayant pour objectif le renforcement des capacités en matière de recherche et de gouvernance universitaire, et de soutenir et accompagner les projets développés par et au sein des universités maliennes